新猪源干扰素刺激基因（ISG）的筛选和功能鉴定开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

干扰素（ifn）是一种多功能的活性蛋白质，具有广谱的抗病毒、抗肿瘤、促进细胞生长分化、调节免疫等多种生物活性[1]，因此，干扰素是机体重要的蛋白成分之一。

在猪病的临床研究中，干扰素表现出良好的抗病毒活性，能够对猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒等产生较强的抑制作用，是具有良好应用前景的抗病毒制剂。

干扰素并不直接作用于病毒，而是通过诱导机体细胞产生众多的效应分子：干扰素刺激基因（interferon stimulated gene，isg），通过这些诱导产生的干扰素刺激基因来实现对病毒的抑制作用。

2. 研究的基本内容和问题

研究目标1. 克隆分析新猪源isgs基因的核苷酸多态性；2. 初步分析新猪源isgs在病毒感染过程中的功能。

研究内容1.扩增猪源isgs，获得新的猪源isgs基因；2.比对不同品种猪，不同组织器官来源猪的isgs基因的核苷酸多态性差异；3.初步分析新猪源isgs蛋白对主要猪病毒的作用。

拟解决的关键问题检测新猪源isgs蛋白对主要猪病毒（prrsv、pcv2、jev以及csfv等不同病毒）复制的影响，初步确定isgs在不同病毒感染时的功能。

3. 研究的方法与方案

研究方法1.采集不同品种猪，不同组织器官的样品。

提取不同组织器官样品的rna，并通过反转录方法获得猪源各个组织的cdna；2.通过ncbi查找猪源isgs的参考序列，blast比对分析不同品种猪的isgs同源性和保守序列，primer 5.0软件设计相关的isgs引物；3.pcr扩增预设计的猪源isgs基因，回收并测序验证相关基因的准确性；4.在测序验证和单克隆纯化的基础上，构建表达isgs的真核表达载体，并对载体进行酶切和测序验证，保证克隆的准确性；5.转染isgs过表达真核质粒至细胞，检测isgs对prrsv、pcv2、jev以及csfv等不同病毒复制的影响，初步确定isgs在不同病毒感染时的功能。

技术路线猪源isgs的生物信息学分析↓ncbi分析猪源isgs序列信息 → 比对不同来源isgs的保守序列 → 设计扩增引物↓采集不同品种猪和组织器官样品→pcr 扩增新猪源isgs →测序，构建isgs真核表达载体↓转染细胞，检测新isgs对jev, prrsv, pcv2和csfv等病毒的抗病毒作用实验方案1. 采集不同品种猪的组织器官样品采集我国主要的品种猪：长白、约克等品种猪的组织器官样品，包括猪的淋巴结、肺脏、脾脏、肝脏、外周血等主要器官组织的样品，冷冻保存于-80℃冰箱；2. 猪源isgs的生物信息学分析及扩增a. 通过ncbi数据库查找猪源基因信息，分析可能的猪源isgs基因；b. balst比对以及生物信息学分析软件分析不同品种猪的isgs基因序列的同源性和保守序列。

4. 研究创新点

新的猪源isgs分子目前尚未有报道，在新的基因扩增以及功能研究上缺少经验，需要进行探索。

本研究筛选新的猪源isgs基因，并初步分析新猪源isgs的生物学功能，研究对拓展猪isgs的分子生物学有重要意义。

也为研究猪的抗病毒免疫机制提供依据。

5. 研究计划与进展

研究计划第1-2周（2015.8.31-2015.9.13）：查阅并收集资料，设计实验方案，撰写开题报告，做好实验的前期准备工作。

第3周（2015.9.14-2015.9.20）：采集不同品种猪的组织样品。

第4-8周（2015.9.21-2015.10.25）：猪源isgs的生物信息学分析及扩增。